門跡寺院（もんせきじいん）（Monseki Jiin）
【門跡寺院の歴史・経緯】
【十三門跡】
「宮門跡（親王門跡）」と称される親王、法親王が住職として居住する寺院のうちの１３の寺院
仁和寺、大覚寺、青蓮院、三千院、妙法院、毘沙門堂、曼殊院
勧修寺、知恩院、聖護院、照高院
輪王寺（栃木県日光市）（後に東叡山 輪王寺と２つに分かれる）、円満院（滋賀県大津市）
実際には親王家に限って入寺するのは、仁和寺、大覚寺、輪王寺の３門跡で、
その他は摂家からも入寺することができた
【天台宗三門跡】
青蓮院、三千院、妙法院【天台宗五箇室門跡・京都五箇室門跡】
青蓮院、三千院、妙法院、毘沙門堂、曼殊院【醍醐五門跡】
醍醐寺の塔頭三宝院、金剛王院・理性院・無量寿院・報恩院
【浄土真宗五門跡】
浄土真宗で、門跡に准ぜられた東本願寺、西本願寺、佛光寺、専修寺（三重県津市）、興正寺の総称「五門徒」とも称せられる
【主な門跡寺院】
勧修寺 (かじゅうじ) (山科区) 山階派の総本山
光照院 (こうしょういん) (上京区) 常磐御所 尼寺三十六所巡礼第二番 尼門跡
金剛王院(こんごうおういん)(伏見区) 醍醐寺の塔頭
三時知恩寺(さんじちおんじ)(上京区) 入江御所 尼門跡
三千院 (さんぜんいん) (左京区) 天台宗三門跡 梶井殿 梶井門跡 梨本門跡
三宝院 (さんぽういん) (伏見区) 醍醐寺の塔頭
慈受院 (じじゅいん) (上京区) 薄雲御所、竹之御所、烏丸御所
実相院 (じっそういん) (左京区) 岩倉門跡
聖護院 (しょうごいん) (左京区)
照高院 (しょうこういん) (左京区)
青蓮院 (しょうれんいん) (東山区) 粟田御所
随心院 (ずいしんいん) (山科区) 小野門跡
瑞龍寺 (ずいりゅうじ) (右京区) 日蓮宗唯一の門跡寺院 嵯峨村雲別院 嵯峨野霊園
禅林寺 (ぜんりんじ) (左京区)
大覚寺 (だいかくじ) (右京区) 大覚寺派の総本山
大聖寺 (だいしょうじ) (上京区) 足利義満 花乃御所跡 御寺御所 尼門跡第一位
知恩院 (ちおんいん) (東山区) 浄土宗の宗祖 法然上人のゆかりの地
曇華院 (どんげいん) (右京区) 尼門跡寺院 竹の御所
仁和寺 (にんなじ) (右京区) 御室門跡
毘沙門堂(びしゃもんどう) (山科区)
平等院 (びょうどういん )(宇治市) 藤原氏ゆかりの地
佛光寺 (ぶっこうじ) (下京区)
宝鏡寺 (ほうきょうじ) (上京区) 百々御所(どどごしょ) 人形寺
宝慈院 (ほうじいん) (上京区) 尼門跡寺院 千代野御所
法住寺 (ほうじゅうじ) (東山区)
曼殊院 (まんしゅいん) (左京区) 竹内門跡
妙法院 (みょうほういん) (東山区)
善峯寺 (よしみねでら) (西京区) 西山宮門跡
林丘寺 (りんきゅうじ) (左京区) 門跡尼寺 修学院離宮内
霊鑑寺 (れいかんじ) (左京区) 後水尾上皇の皇女 谷御所 鹿ヶ谷比丘尼御所
